NBRCは、約9.８万株の微生物（細菌・放線菌・乳酸菌・アーキア・糸状菌・酵母・微細藻類・バクテリオファージ）を保存し、提供しています。
NBRCが提供する微生物は、NBRC株とRD株の２つのコレクションがあります。

NBRC株は国内外の研究者から寄託や譲渡を受けて収集した微生物株です。分類学的基準株や日本産業規格（JIS）、日本薬局方などの公的試験方法に規定された菌株などがあります。

RD株は、産業利用されることを目的に国内外の多様な環境から収集した微生物株（主に糸状菌、酵母、細菌（放線菌、乳酸菌、その他））で、属名まで同定しております。
RD株は、１年毎の利用料をいただくシステムになっており、安価にご利用いただけます。スクリーニング源として、一度に大量の菌株を利用したい方に最適です。

「NBRC株オンライン分譲依頼サービス」（https://www.nite.go.jp/nbrc/catalogue/NBRCDispSearchServlet?lang=ja）では、 NBRCが公開している微生物資源の検索や情報の入手、分譲依頼を行っていただくことができます。
　NBRC番号や学名から菌株を検索していただくことで、分離源、培養条件、文献、配列などの情報を得ることができます。ご希望の菌株が見つかったら順次カートに加えていただき、まとめて分譲依頼を行うことができます。また、ご自身の配列データを用いて相同性検索を行うことで、近縁の株を探すこともできます。 RD株は手続きが異なるため、弊機構ホームページをご覧ください。（https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/rd/index.html）